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01 de Agosto de 2020
Vigilancia epidemiológica: consiguen secuenciar más de 400 genomas virales de SARS-CoV2 en Argentina
Es parte de los estudios para aportar datos globales de la circulación del Covid en la región, que brinda información de los diferentes linajes del virus, y cómo circulan en la población.
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Linaje. El Consorcio creado por el Ministerio de Ciencia consiguió secuenciar  más de 400 nuevos genomas de SARS-CoV2.

El Consorcio, que realiza estudios genómicos de SARS-CoV2 en nuestro país, consiguió secuenciar más de 400 nuevos genomas de SARS-CoV2, en Argentina, según difundió en un comunicado el Ministerio de Ciencia y Tecnología de la Nación. 

Los resultados permiten conocer datos globales de la circulación viral que el coronavirus tiene en el país y permite acceder a información precisa de los distintos linajes del virus en la región, y como estos circulan en nuestra población. 

La información es de trascendencia mundial puesto que al momento de desarrollo de una potencial vacuna contra el Covid-19, el registro de las variaciones y mutaciones que experimenta el virus en cada región, define si será eficaz su aplicación en la población, entre otros aspectos relevantes. 

El "Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV2 (Proyecto PAIS)", creado por la cartera científica, está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV2. 

Con la coordinación de la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data).  

Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular, y estudios de correlación clínica. 

En su más reciente estudio, el Consorcio ha obtenido 305 nuevos genomas de SARS-CoV2, 282 provenientes del AMBA (CABA y GBA) y 23 de otras zonas de la Provincia de Buenos Aires.  

Del mismo, participaron tres de los siete nodos de secuenciación que forman parte del consorcio: Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez (CABA), Biocódices (San Martín, provincia de Buenos Aires) y IABIMO-INTA Castelar (Hurlingham, provincia de Buenos Aires). Asimismo, han participado 15 centros de Salud distribuidos entre CABA y provincia de Buenos Aires que realizan el diagnóstico diario de COVID-19 y que aportaron muestras y datos clínico-epidemiológicos de los casos secuenciados. El análisis de los datos estuvo a cargo de los nodos de bioinformática y evolución que integran el Consorcio. 

El Ministerio de Ciencia, a cargo de Roberto Salvarezza, difundió los resultados principales del trabajo, el cual concluyó que algunos de los genomas presentaron cambios que podrían impactar en sus características biológicas o su diagnóstico molecular. Estos hallazgos de vigilancia epidemiológica molecular serán estudiados para establecer su alcance e implicancia. 

La distribución de los linajes virales de las 122 muestras de la provincia de Buenos Aires fue la siguiente: B.1.3 (32,8 %), B.1 (23,0 %), B.1.1.1 (19,7 %), B.1.1.33 (13,9 %), B.1.5 (6,6 %) y B.1.1 (4,1 %). 

Además, se observó una marcada regionalización de los clusters genéticos, muchos de estos compatibles con circulación viral comunitaria sostenida restringida a zonas geográficas específicas (GBA-Norte, GBA-Oeste y GBA-Sur). Si bien en algunos casos se observó relación cercana entre secuencias de GBA y secuencias de CABA, este patrón no fue el predominante. 

Los análisis realizados mostraron evidencias de distintas introducciones de virus y su diversificación en zonas circunscritas, más que la circulación irrestricta entre las distintas zonas estudiadas. Este proceso de diversificación viral es compatible con las restricciones de circulación poblacional debido al Aislamiento Social Preventivo y Obligatorio. 

La distribución de los linajes virales de las 183 muestras de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires fue la siguiente: B.1.3 (76,0 %), B.1.1.33 (19,1 %), B.1.5 (1,6 %), B.1 (1,1 %), B.1.1 (0,5 %), B.1.1.1 (0,5 %), y linaje B.2 (0,5 %) y B.2.1 (0,5 %).  

Un muestreo intensivo en los Barrios populares Padre Mugica y Padre Ricciardelli mostró una gran homogeneidad en las variantes virales, compatible con una alta transmisibilidad en zonas de conglomerado. Sin embargo, las variantes responsables de los brotes en cada uno de los barrios fueron diferentes (B.1.3 para el primero y B.1.1.33 para el segundo). La presencia de secuencias de SARS-CoV-2 muestreadas en el mes de abril y previamente reportadas por el Consorcio indicarían que tanto el linaje B.1.3 como el B.1.1.33 estuvieron presentes, al menos, desde el inicio del brote de COVID-19 en ambos barrios respectivamente. Estos resultados representarían una circulación viral con poca o ninguna restricción intra-barrio.  

En el resto de las muestras de los barrios de CABA también predominan los linajes B.1.3 y B.1.1.33, aunque el análisis filogenético mostró un agrupamiento circunstancial entre sí y con los barrios populares, lo que nuevamente indicaría una restricción en la transmisión viral entre los mismos. 

Como conclusión general se puede indicar que, si bien un mismo linaje viral puede encontrarse simultáneamente en distintas regiones geográficas, el patrón general observado es la introducción viral y diversificación zonal restringida, más que la circulación irrestricta de los linajes entre las distintas zonas. 

Fuente: Argentina.gob.ar 

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