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12 de Enero de 2021
En Brasil hablan de "apagón" de datos genómicos del SARS-CoV-2
A pesar que las dificultades son regionales, científicos cuestionaron el aporte del país a las secuencias publicadas en la plataforma Gisaid, sobre circulación del virus en tiempo real.
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En esta nota: Vigilancia Epidemiológica, Gisaid, Covid, Coronavirus, SARS-CoV-2

Científicos de CADDE hablan de "apagón" de datos genómicos.

Pese a las dificultades a las que se enfrenta la vigilancia epidemiológica en América Latina, debido, entre otras cosas, a la importación de reactivos, científicos brasileños cuestionaron el aporte realizado por su país, durante los últimos meses, a la plataforma internacional Gisaid, en la que investigadores de diferentes países, entre los que también se encuentra la Argentina, comparten información en tiempo real sobre la circulación del virus del SARS-CoV-2. 

Hasta el 5 de enero de 2021, el Reino Unido fue el país que lideró los esfuerzos mundiales de lo que se conoce como "vigilancia genómica del nuevo coronavirus (SARS-CoV-2)", ya que, de las 323.000 secuencias publicadas en la plataforma Gisaid, 137.000 (42%) tienen origen británico.  

Ello hizo posible la identificación, con relativa rapidez, del surgimiento de la nueva variante B.1.1.7 (la cepa británica), considerada entre un 50% y un 70% más transmisible que la originaria de Wuhan, China. 

Esta nueva cepa fue detectada por primera vez en Brasil el 31 de diciembre, por investigadores del Instituto de Medicina Tropical (IMT) de la Facultad de Medicina de la Universidad de San Pablo (FM-USP) y de la red de laboratorios Dasa, en muestras de dos pacientes sospechosos de COVID-19 tratados en la ciudad de San Pablo.  

Con estas dos nuevas secuencias depositadas en la plataforma Gisaid, Brasil alcanzó las 1.828 secuencias publicadas por grupos brasileños en el sitio. Sin embargo, la cifra es baja, como lo es para el resto de la región.  

Es que Brasil ha secuenciado sólo el 0,024% de los casos confirmados en el país (el porcentaje se calculó sobre la base de datos de la Universidad Johns Hopkins), mientras que en el Reino Unido esta tasa alcanza el 5%. 

Si bien el país está mucho más avanzado que los países de la región sudamericana, como Argentina (0,003%), Colombia (0,013%) y Venezuela (0.010%), está detrás de otros países emergentes, incluyendo India (0.042%), México (0.096%) y Sudáfrica (0,256%). 

Es más, Sudáfrica depositó casi el doble (2.882) de secuencias en la plataforma Gisaid que Brasil, pese a que el país sudamericano tiene siete veces más casos confirmados de coronavirus. 

Sin embargo, el cuestionamiento no es sólo por cantidad. "La información brasileña está mal distribuida tanto en el tiempo como en el espacio. Más del 75% de las secuencias disponibles hoy en día provienen de la región sureste (San Pablo) y esto limita en gran medida la comprensión de lo que está sucediendo en el resto del país.  Además, la mayor parte de los datos se generaron en el primer semestre de 2020. Sólo el 8% de las secuencias se publicaron entre agosto y diciembre, lo que imposibilitó saber, por ejemplo, cuánto tiempo ha estado circulando la nueva variante en el país y cuán extendida es", dicen investigadores del Centro Brasil-Reino Unido para el Descubrimiento, Diagnóstico, Genómica y Epidemiología de Arbovirus (CADDE). 

El CADDE es un proyecto apoyado por la Fundación de Apoyo a la Investigación de San Pablo (FAPESP, por sus siglas en portugués) y originalmente dirigido al estudio de enfermedades como el dengue y el zika. 

Las dificultades para secuenciar, en la región 

A pesar que los científicos del CADDE calificaron de "apagón" esta situación, la realidad es que toda la región tiene numerosas dificultades para realizar secuenciación en tiempo real, como la importación de reactivos utilizados en la secuenciación genómica, el alto costo de los suministros y equipos (agravados por el alto dólar) y, en algunos casos, la falta de profesionales calificados para este tipo de trabajo. 

"En nuestro caso, tuvimos problemas para importar algunos insumos que faltaban en el mercado interno. Recibimos una gran cantidad de reactivos de mala calidad y tuvimos que importar de nuevo. Además, estábamos finalizando proyectos iniciados en el primer semestre, uno de ellos con el objetivo de entender la tasa de transmisión hospitalaria", dice el estudiante de doctorado de la Facultad de Medicina (FM) de la USP Ingra Claro. 

El Virólogo Fernando Rosado Spilki, que coordina la Red Coronomica St. ? creada entre marzo y abril por el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovaciones (MCTI) para liderar los esfuerzos de vigilancia genómica en el país ? admite que hubo un retraso en el último semestre, pero asegura que se está haciendo un gran esfuerzo en este momento para compensar el tiempo perdido. 

"La mayoría de las secuencias publicadas en el primer semestre se hicieron con fondos del proyecto sobre otros temas que ya estaban en vigor y fueron redirigidos a la investigación sobre el SARS-CoV-2. Aunque las agencias de financiación han hecho un gran esfuerzo para liberar rápidamente más recursos, hay obstáculos burocráticos que hacen que este proceso requiera mucho tiempo", dijo Spilki a FAPESP. 

Según el virólogo, las nuevas secuencias ya completadas, aún en proceso de análisis, deben publicarse en plataformas internacionales muy pronto. "Después de la secuenciación hay un gran trabajo de bioinformática que hacer y esto requiere una infraestructura computacional que no se construye de la noche a la mañana. Estamos mejorando esta infraestructura e invirtiendo en la compra de insumos. Tenemos la intención de iniciar un grupo de trabajo para secuenciar las muestras de este período que fue menos estudiado [segunda mitad de 2020] y también para realizar un seguimiento de lo que está sucediendo con el virus ahora", dice Spilki. 

La Red Coronomica cuenta con recursos de la Fundación Estudios y Proyectos Financieros (Finep) y reúne a entidades como el Laboratorio Nacional de Computación Científica (LNCC/RJ), el Instituto Adolfo Lutz (IAL/SP), la Fundación Oswaldo Cruz (Fiocruz/RJ y PE), la Fundación Ezequiel Dias (Funed/MG), el Instituto Evandro Chagas (IEC/PA), la Universidad Estatal de Campina (US). 

Con datos de la Agencia FAPESP. 

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En esta nota: Vigilancia Epidemiológica, Gisaid, Covid, Coronavirus, SARS-CoV-2
Vigilancia Epidemiológica Gisaid Covid Coronavirus SARS-CoV-2
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